Повногеномне секвенування допомагає виявити справжнє джерело інфекції на птахофермі

Антибіотикограма відповідає на головне питання лікування: чим ефективно лікувати інфекцію просто зараз. Однак інколи проблема повертається знову і знову. Наприклад, якщо в господарстві кілька турів поспіль виявляють Salmonella, антибіотикограми ізолятів можуть бути однаковими. Але це не завжди один і той самий штам ‒ джерела зараження можуть бути різні, пише журнал «Наше птахівництво».

Повногеномне секвенування «зчитує» повний ДНК-код бактерії та дає змогу побачити проблему значно глибше:

• точно визначити штам і порівняти його з попередніми випадками;

• з’ясувати, чи це бактерія, що постійно живе на фермі, чи нове занесення;

• виявити приховані генетичні механізми стійкості до препаратів. Зокрема, геномний звіт показує не просто факт стійкості Salmonella, а й конкретні зміни в її ДНК. Наприклад, виявлена мутація в гені gyrA одразу пояснює, чому бактерія стала нечутливою до фторхінолонів, зокрема ципрофлоксацину.

Така деталізація допомагає ветеринарному лікарю виявити справжнє джерело інфекції, перекрити шляхи її поширення на фермі та діяти на випередження.

Раніше ми писали про основні підходи до визначення чутливості бактерій.