Секвенування нового покоління дозволяє прочитати генетичний код бактерії

Останнім часом у ветеринарній мікробіології з’явився принципово новий інструмент ‒ секвенування нового покоління (next-generation sequencing ‒ NGS). Тоді як класичні методи показують лише, чи діє антибіотик на бактерію, NGS дає змогу прочитати її генетичний код і знайти саме ті гени, які роблять бактерію стійкою.

Про це пише журнал «Наше птахівництво».

За допомогою методу NGS можна встановити не наслідок (бактерія вижила), а причину ‒ конкретний ген, який допомагає їй виживати під дією препарату. Знайдені гени порівнюють зі світовими базами даних, де вже описано тисячі таких генів захисту.

Найпоширеніші два основні підходи:

‒ повногеномне секвенування (WGS), коли розшифровують геном однієї бактерії, виділеної від хворої птиці. За одне дослідження можна отримати повний паспорт збудника: до якого виду та серовару він належить; які має гени стійкості до антибіотиків; наскільки він небезпечний;

‒ метагеномне секвенування, коли аналізують весь мікробіом (не лише культивовані бактерії) та виявляють гени антимікробної резистентності, мобільні генетичні елементи (плазміди, інтегрони) та їхнє передавання.

Матеріалом може бути кишківник, послід або підстилка без попереднього виділення окремих бактерій. Це дає змогу одночасно зазирнути у тисячі мікроорганізмів і скласти загальну картину щодо арсеналу генів стійкості на птахофабриці.