Секвенування дозволяє виявити всі бактерії в кишківнику птиці

Новий світовий тренд ‒ моніторинг кишкового мікробіому птиці за допомогою генетичного методу ‒ секвенування 16S rRNA, пише журнал «Наше птахівництво».

Класичні методи ветеринарного моніторингу птиці мають величезну сліпу зону. Звичні й відпрацьовані інструменти, як-от клінічний огляд, патологоанатомічний розтин і оцінювання щоденних виробничих показників, працюють як гасіння пожежі, бо сигналізують про проблему запізно.

Секвенування ‒ це аналіз, що дає змогу виявити всі бактерії в кишківнику, навіть ті, які неможливо виростити в лабораторії на чашках Петрі. Саме цей комплексний скринінг допомагає визначити базові показники норми для конкретного віку птиці.

Оцінюючи ідеальний баланс у кишківнику бройлера у віці 28-35 діб, ветеринарний спеціаліст має орієнтуватися на конкретне співвідношення мікроорганізмів. У здорової птиці співвідношення між різними групами бактерій завжди чітко визначене й збалансоване.

‒ Лактобактерії (Lactobacillus) ‒ 45% (домінант) ‒ головні захисники організму. Вони активно виробляють молочну кислоту, знижують pH середовища, пригнічують розвиток патогенів і стимулюють місцевий імунітет.

‒ Облігатні анаероби (Romboutsia) ‒ 25% ‒ корисні помічники, які виробляють коротколанцюгові жирні кислоти. Вони забезпечують енергією клітини кишківника (ентероцити) та підтримують цілісність захисного слизового (муцинового) шару.

‒ Факультативні анаероби (Streptococcus ‒ 12% та Enterococcus 5%) ‒ представники умовно патогенної флори. Поки їхня кількість перебуває в цих межах, загрози немає. Проте за їхнього надмірного росту (сумарно понад 20%) баланс руйнується, що призводить до проблем із травленням птиці.

‒ Ентеробактерії (Enterobacteriaceae) ‒ у нормі менше ніж 2%. У здорової птиці ця група ‒  мінімальна і входить до загального пулу інших бактерій (які сумарно становлять 13%). Однак якщо частка ентеробактерій зростає вище 5%, це ‒ перший і найголовніший сигнал тривоги (маркер дисбіозу або розвитку кишкової інфекції).